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Análisis de secuencias de genes de Coffea arabica var. Caturra

by Montoya Ortíz, G.E; Cristancho Ardila, M.A; Moncada Botero, M.P.
Publisher: (Abr-Jun 2006)ISSN: 0120-0275.Subject(s): COFFEA ARABICA | COFFEA CANEPHORA | GENETICA MOLECULAR | GENES | GENETICA | RESERVA GENETICAS | HOJAS | FLORES | FRUTO | SECUENCIA NUCLEOTIDICA | CLONES | METABOLISMO | COFFEA ARABICA | COFFEA CANEPHORA | MOLECULAR GENETICS | GENES | GENETICS | GENE POOLS | LEAVES | FLOWERS | FRUIT | NUCLEOTIDE SEQUENCE | CLONES | METABOLISM | COFFEA ARABICA | COFFEA CANEPHORA | GENETIQUE MOLECULAIRE | GENE | GENETIQUE | POOL DE GENES | FEUILLE | FLEUR | FRUIT | SEQUENCE NUCLEOTIDIQUE | CLONE | METABOLISME | CATURRA In: Cenicafé (Colombia) v. 57 (2) p. 79-87Summary: En la presente investigación se desarrollaron genotecas de ADNc de tres tejidos (hoja, flor y fruto) de var. Caturra, con el fin de obtener información sobre los genes que se están expresando en estos tejidos. De 3.029 secuencias analizadas, se obtuvo un total de 1.824 transcritos únicos (unigenes), para las tres genotecas, y el 60 por ciento de estos transcritos mostraron similaridad con secuencias reportadas para C canephora. Los análisis de los clones indentificados mostraron una amplia diversidad de genes involucrados en diversas funciones metabólicas. Las principales categorías incluyen proteínas involucradas en organización celular y biogénesis, metabolismo, síntesis de proteínas, transporte, trancripción, transducción de señales y respuesta a patógenos o plagas. Los transcritos involucrados en respuesta a patógenos, plagas y estrés abiótico, podrían ser usados en experimentos de laboratorio para confirmar su función y determinar su potencial de uso en programas de mejoramiento genético del café.Summary: As a result of this investigation three cDNA libraries of leaf, flower, and fruit tissues from C. arabica var. Caturra were developed with the objective of obtaining data about the genes expressed in these tissues. Out of 3,029 sequences analyzed, 1,824 unique transcripts (unigenes) were obtained, 60 percent of which showed similarity with sequences reported for C. canephora. The analysis of the identified clones showed a broad diversity of genes involved in several metabolic functions. The main categories included proteins involved in cell organization and biogenesis, metabolism, protein synthesis, transport, transcription, signal transduction and response to pathogens or pests. Transcripts involved in response to pathogens, plagues and abiotic stress could be tested in the laboratory to confirm their function and to determine their potential use in coffee genetic improvement programs.
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20 ref.

En la presente investigación se desarrollaron genotecas de ADNc de tres tejidos (hoja, flor y fruto) de var. Caturra, con el fin de obtener información sobre los genes que se están expresando en estos tejidos. De 3.029 secuencias analizadas, se obtuvo un total de 1.824 transcritos únicos (unigenes), para las tres genotecas, y el 60 por ciento de estos transcritos mostraron similaridad con secuencias reportadas para C canephora. Los análisis de los clones indentificados mostraron una amplia diversidad de genes involucrados en diversas funciones metabólicas. Las principales categorías incluyen proteínas involucradas en organización celular y biogénesis, metabolismo, síntesis de proteínas, transporte, trancripción, transducción de señales y respuesta a patógenos o plagas. Los transcritos involucrados en respuesta a patógenos, plagas y estrés abiótico, podrían ser usados en experimentos de laboratorio para confirmar su función y determinar su potencial de uso en programas de mejoramiento genético del café.

As a result of this investigation three cDNA libraries of leaf, flower, and fruit tissues from C. arabica var. Caturra were developed with the objective of obtaining data about the genes expressed in these tissues. Out of 3,029 sequences analyzed, 1,824 unique transcripts (unigenes) were obtained, 60 percent of which showed similarity with sequences reported for C. canephora. The analysis of the identified clones showed a broad diversity of genes involved in several metabolic functions. The main categories included proteins involved in cell organization and biogenesis, metabolism, protein synthesis, transport, transcription, signal transduction and response to pathogens or pests. Transcripts involved in response to pathogens, plagues and abiotic stress could be tested in the laboratory to confirm their function and to determine their potential use in coffee genetic improvement programs.

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